Μετά την ήττα των Τούρκων στο Ναβαρίνο τον Οκτώβριο του 1827, αρχίζει η τελευταία φάση της Ελληνικής Επανάστασης. Τον Ιανουάριο του 1828 φτάνει ο Καποδίστριας στο Ναύπλιο και θα αγωνιστεί σκληρά για την αναγνώριση ανεξάρτητου κράτους που τελικά θα πραγματοποιηθεί το Φεβρουάριο του 1830.
στο νόμισμα 20 λεπτών εικονίζεται ο Ιω. Καποδίστριας
Ξέροντας ότι έπρεπε να κρατήσει τη Στερεά Ελλάδα επαναστατημένη, έτσι ώστε να συμπεριληφθεί στο νέο κράτος, παρότρυνε τους Έλληνες να συνεχίσουν τον πόλεμο εκεί. Έτσι ελευθερώθηκαν η Ναύπακτος, το Μεσολόγγι και με τη σημαντική τελευταία μάχη του Αγώνα, στην Πέτρα της Βοιωτίας, η Λιβαδειά, που σήμαινε και όλη την Στερεά. Στη μάχη αυτή αρχηγός των Ελλήνων υπήρξε ο Δημήτριος Υψηλάντης. Έτσι η Ελληνική Επανάσταση άρχισε με Υψηλάντη(Αλέξανδρο, στη Μολδοβλαχία) και τέλειωσε πάλι με Υψηλάντη(Δημήτριο, αδελφό του Αλεξάνδρου)
Θέλοντας να μην έχει δεσμεύσεις από άλλα πολιτικά όργανα, για να είναι δυνατή η άσκηση της εξουσίας απρόσκοπτα, ρύθμισε το πολίτευμα έτσι ώστε να συγκεντρώσει στα χέρια του όλες τις εξουσίες, καταργώντας την Εθνοσυνέλευση. Αυτό ήταν και το σημείο που προκάλεσε αντιδράσεις κυρίως από τους κοτζαμπάσηδες και ιδίως της Μάνης, που μέχρι τότε είχαν συνηθίσει να είναι αυτοί μέσα στα "πράγματα¨και τώρα έμεναν στο περιθώριο. Ο Καποδίστριας όμως υπήρξε μέγας πολιτικός και κατάφερε να οργανώσει ένα διαλυμένο κράτος.
Οργάνωσε το στρατό, το ιππικό και το στόλο. Πέτυχε να καταστείλει την πειρατεία και να εξαλείψει τη ληστεία. Ίδρυσε το "Λόχο ( Σχολή ) Ευελπίδων" με σκοπό την εκπαίδευση των στελεχών του στρατού. Ίδρυσε επίσης στον Πόρο και ναύσταθμο.
Άνδρες ελαφρού τάγματος πεζικού(1829). Φορούν ελληνική παραδοσιακή στολή και στα όπλα, ξιφολόγχη
Η πρώτη σχολή Ευελπίδων στο Ναύπλιο, σήμερα λειτουργεί ως Πολεμικό Μουσείο
Μεγάλο ζήλο έδειξε στην ανόρθωση των οικονομικών. Δημιούργησε την πρώτη Τράπεζα, που σαν πρώτο κεφάλαιο κατέθεσε την προσωπική του περιουσία. Για μα διευκολύνει τις συναλλαγές, αντικατέστησε τα τούρκικα γρόσια "κόβοντας" νομίσματα, τους φοίνικες.
Ο αργυρός φοίνικας(1829), και το χαρτονόμισμα(1831)
Μεγάλο ενδιαφέρον έδειξε επίσης και για την παιδεία. Ίδρυσε το αλληλοδιδακτικό σχολείο, στο οποίο οι καλύτεροι μαθητές των μεγαλύτερων τάξεων, με τη βοήθεια του δασκάλου, μάθαιναν τους μικρότερους να διαβάζουν και να γράφουν. Γρήγορα διαδόθηκαν σε όλη τη χώρα και μάλιστα στις αρχές του 1831 λειτουργούσαν σε όλη την επικράτεια 121 αλληλοδιδακτικά σχολεία με 10.000 μαθητές.
Το πρώτο αλληλοδιδακτικό σχολείο στο Ναύπλιο, σήμερα λειτουργεί ως Δημαρχείο
Επειδή πίστευε ότι η πρόοδος της χώρας θα εξαρτιόταν από τη γεωργία, ίδρυσε στην Τίρυνθα γεωργική σχολή, στην οποία θα εκπαιδεύονταν Έλληνες γεωργοί. Ακόμα κάλεσε γεωπόνους από την Ελβετία, εισήγαγε την καλλιέργεια της πατάτας και φρόντισε για την ανάπτυξη της μεταξοκαλλιέργειας.
Η λαϊκή παράδοση για τη διάδοση της πατάτας και ο 1ος φοίνικας που λεγεται ότι φύτεψε ο ίδιος ο Καποδίστριας στο Ναύπλιο
Το μεγαλύτερό του όμως κατόρθωμα ήταν η επέκταση του νέου ελληνικού κράτους. Με επιδέξιους χειρισμούς αναγνωρίστηκε το 1830 από τις Μεγάλες Δυνάμεις η ανεξαρτησία της Ελλάδας και λίγο αργότερα ρυθμίστηκαν τα σύνορα στη γραμμή Αμβρακικού κόλπου - Παγασητικού κόλπου.
Δυστυχώς όμως ο μεγάλος αυτός Έλληνας πολιτικός δεν πρόλαβε να ολοκληρώσει το έργο του. Τα ξημερώματα της Κυριακής 27ης Σεπτεμβρίου και ενώ κατευθυνόταν στον Άγιο Σπυρίδωνα για να παρακολουθήσει τη λειτουργία, πλησιάζοντας στη στενή θύρα της εκκλησίας αντίκρισε τον Κωνσταντίνο και Γιώργο Μαυρομιχάλη, αδελφό και γιο του Πετρόμπεη Μαυρομιχάλη. Μετά από λίγα δευτερόλεπτα ο κυβερνήτης έπεφτε νεκρός πρώτα από τις σφαίρες του Κωνσταντίνου και στη συνέχεια από το μαχαίρι του Γιώργου Μαυρομιχάλη.
η δολοφονία του κυβερνήτη στο Ναύπλιο
Η εκκλησία του Αγίου Σπυρίδωνα. Στο σημείο που είναι μέσα στο κουτάκι δεξιά της εισόδου λένε ότι εξοστράκισε σφαίρα από το όπλο του φονιά του κυβερνήτη
Οι δύο δολοφόνοι, ο μεν πρώτος τραυματίστηκε από τις σφαίρες του συνοδού του Καποδίστρια και στη συνέχεια σκοτώθηκε από το μαινόμενο πλήθος που κατέφθασε εκεί, ενώ ο Γιώργος Μαυρομιχάλης δικάστηκε και εκτελέσθηκε μετά από μερικές ημέρες. Ο κυβερνήτης εκτέθηκε σε λαϊκό προσκύνημα ως την ημέρα της κηδείας του( 18 Οκτωβρίου 1831) στην εκκλησία του Αγίου Γεωργίου στο Ναύπλιο. Στη συνέχεια, στην Ελλάδα επικράτησε αναρχία. Οι εμφύλιες διαμάχες έγιναν εντονότερες και οι γερουσιαστές με ψήφισμα εξέλεξαν μια "Διοικητική Επιτροπή της Ελλάδας" που ήταν τριμελής: ο Αυγουστίνος Καποδίστριας, αδελφός του κυβερνήτη, ο Θεόδωρος Κολοκοτρώνης και ο Ιωάννης Κωλέττης με σκοπό τη διαφύλαξη της ησυχίας και τη σύγκληση Εθνικής Συνελεύσεως.
Είπε ο ΜΕΓΑΣ ΚΑΠΟΔΙΣΤΡΙΑΣ : (ισχύει άραγε και σήμερα;;)
«…Ελπίζω ότι όσοι εξ´ υμών συμμετάσχουν εις την Κυβέρνησιν θέλουν γνωρίσει μεθ´ εμού ότι εις τας παρούσας περιπτώσεις, όσοι ευρίσκονται εις δημόσια υπουργήματα δεν είναι δυνατόν να λαμβάνουν μισθούς αναλόγως με τον βαθμό του υψηλού υπουργήματός των και με τας εκδουλεύσεις των, αλλ´ ότι οι μισθοί ούτοι πρέπει να αναλογούν ακριβώς με τα χρηματικά μέσα, τα οποία έχει η Κυβέρνησις εις την εξουσίαν της…»
«…εφ´ όσον τα ιδιαίτερα εισοδήματά μου αρκούν διά να ζήσω, αρνούμαι να εγγίσω μέχρι και του οβολού τα δημόσια χρήματα, ενώ ευρισκόμεθα εις το μέσον ερειπίων και ανθρώπων βυθισμένων εις εσχάτην πενίαν».
Ιωάννης Καποδίστριας
πρώτος Κυβερνήτης της Ελλάδος, προς την Δ´ Εθνοσυνέλευση